По версии следствия, Попов и заместитель начальника Главного управления инновационного развития Министерства обороны России Владимир Шестеров, а также директор парка "Патриот" Вячеслав Ахмедов и другие лица, злоупотребляя доверием и используя обман, похитили бюджетные средства на сумму 30 миллионов рублей, предназначенные для обеспечения деятельности парка "Патриот". Попов отрицает свою вину, в то время как остальные участники дела уже сотрудничают со следствием. Попова задержали 29 августа, и суд арестовал его до 26 октября. В то же время директора парка Ахмедова и замначальника Шестерова также арестовали по делу о мошенничестве.