Арест был наложен для обеспечения возможных штрафов, гражданских исков и имущественных взысканий. В апреле ему было предъявлено обвинение в получении взятки в крупном и особо крупном размере в рамках реализации многомиллионных контрактов совместно с заказчиком, занимающимся внедрением современных технологий. Протасову также предъявляется обвинение в том, что он получал взятки от сотрудников за включение их в инициативную научную группу для получения дополнительных выплат и за покровительство по службе. В результате он был помещен под домашний арест.