Нисон был женат только один раз на актрисе Наташе Ричардсон с 1994 по 2009 год, после чего она ушла из жизни. У пары двое сыновей - Майкл и Дэниел, которым сейчас 29 и 28 лет соответственно. Год спустя после смерти жены, актер начал встречаться с британской PR-специалисткой Фреей Сент-Джонстон, но их отношения продержались лишь два года. С тех пор Нисон не встречался с другими женщинами. В интервью он также заявил, что планирует завершить карьеру в ролях героев боевиков с 2025 года, так как всегда снимается в боевых сценах без дублера. Актер отметил, что не хочет, чтобы его дублер Марк Ванселоу заменял его в боевых сценах.