Следователи возбудили дело против нее по статье об организации деятельности нежелательной организации. По версии следствия, в сентябре 2024 и марте 2025 года Тимченко разместила в интернете материалы, призванные провоцировать протесты среди россиян и привлекать их к деятельности организации, признанной нежелательной. Сотрудники Следственного комитета обнаружили улики, подтверждающие ее причастность к преступлению, и она была арестована в отсутствие. Уголовное дело завершено, и материалы переданы в суд для рассмотрения.